En 1710 el Superior de la Compañía encarga al arquitecto jesuita Juan Krauss la construcción de un nuevo templo.
La planta es diseñada tomando como modelo la iglesia del Gesú de Roma.
Se organiza con una nave cubierta por bóveda, flanqueada por cinco capillas laterales comunicadas a través de arcadas sobre las que corre una galería alta, detalle poco común, que no se repite en la Buenos Aires de aquel entonces. Esta particularidad le daba a San Ignacio una capacidad apta para recibir al alumnado del Colegio y fue aprovechada para realizar en el templo numerosos actos y celebraciones, incluso Cabildos Abiertos.
Colaboran con Krauss los maestros Pedro Weger y Juan Wolf.
La terminación de las obras se debe a los hermanos arquitectos Andrés Bianchi y Juan Bautista Prímoli.
En 1722 la iglesia es inaugurada aunque aun no estaba terminada.
El 7 de octubre de 1734, el templo es consagrado.
En el año 1767 se produce la expulsión de los Jesuitas por orden del rey Carlos III.
Sus bienes pasan a ser administrados por la Junta de Temporalidades y el templo permaneció cerrado por tres años.
Entre 1775 y 1791 San Ignacio funciona como catedral provisoria por las obras de reparación que necesitaba la iglesia matriz.
El 31 de diciembre de 1806 se celebra en San Ignacio una Misa de acción de gracias por la Reconquista de la ciudad, con la presencia del Cabildo y otras autoridades. En 1807 las tropas invasoras inglesas intentan tomar el templo, como lo habían hecho con otros de la ciudad pero son rechazados por los defensores. Terminada la Defensa se realizan allí unas solemnes exequias por los muertos en estos episodios.
En 1821 se realizó en el templo la inauguración de la Universidad de Buenos Aires y en 1823, la de la Sociedad de Beneficencia. En 1823 San Ignacio volvió a ser Catedral Provisional y a partir de 1830 comenzó a funcionar como parroquia al haberse dividido la de Catedral en Catedral al Norte y Catedral al Sud.
En 1836 los Jesuitas volvieron a Buenos Aires para ser nuevamente expulsados en 1843.
Durante ese período ocuparon esta Iglesia, compartiendo las dependencias con el Obispo y con la Curia Eclesiástica que se encontraban allí por el mal estado del edificio de la Catedral.
Unos 20 años más tarde el ingeniero italiano Felipe Senillosa agregó la torre Norte que hasta entonces no existía. El 21 de Mayo de 1942 San Ignacio fue declarada Monumento Histórico Nacional por Decreto nº 120.412.
En 1955 varias iglesias del centro porteño sufrieron incendios intencionales. En esa ocasión varias imágenes originales se quemaron y diversos objetos fueron saqueados.
El triste episodio de profanación reciente, confirma el carácter histórico del templo.
La misa recientemente efectuada confirma que lejos de buscar revancha, una vez hecho el desagravio, el templo de San Ignacio sea una ocasión propicia para el reencuentro, y jamás para revanchas.
Fuente: Portal de San Ignacio de Loyola (http://www.sanignaciodeloyola.org.ar)